İlk kez Japon bilim adamı Hakaru Hashimoto tarafından tanımlandığı için onun adına ithafen Hashimoto tiroiditi olarak adlandırılmıştır. Otoimmün bir hastalık olup kronik otoimmün tiroiditlerin en yaygın görülen şeklidir. Yani vücut kendi tiroid dokusunu henüz ortaya koyamadığımız nedenlerden dolayı yabancı olarak algılar ve onu harabetmeye yönelik bağışıklık sistemi hücreleri oluşturarak saldırıya geçer. Böylece tiroid bezinde inflamasyon dediğimiz yangısal bir nevi iltihap durumu meydana gelir. Tiroid bezi, iltihap hücrelerinin istilasına uğrayınca önce biraz büyür ve bazen tiroid bezinde depolanan hormonlar kana salınır. İlerleyen süreçte tiroid bezi ya toparlar eski haline döner veya tahribat kalıcı olur tiroid bezinin yapısı bozulur, küçülür ve artık hormon üretmez hale gelir. Bunun sonucunda da hipotiroidi dediğimiz klinik tablo ortaya çıkar.
Hashimoto hastalığına sebep olan faktörler araştırıldığında ailesel bir yatkınlığın olduğu, fazla iyot alımı ile Hashimoto tiroiditi görülme sıklığının artttığı tespit edilmiştir. Ayrıca stres, gebelik, sigara içimi, selenyum eksikliği, bazı enfeksiyonlar, radyasyona maruziyet gibi çevresel faktörlerin katkısı olduğu yapılan bazı çalışmalarda gösterilmiştir.
Hashimoto hastalığı kadınlarda erkeklere nazaran 10-20 kat daha sık görülür. Ailesel bir yatkınlık söz konusudur. Genç kadınlarda 30-50 yaş civarında sık karşılaştığımız bir durumdur ve genellikle anne-kız veya kadın hasta kız kardeşiyle birlikte polikliniğe başvurur. Aile içinde sık görülmesi, hasta kişinin ikizinde de 20 kat daha sık görülmesi gibi nedenler genetik bir hastalık olduğunu düşündürür.